Nel 1187 la rocca passò sotto il capitolo della cattedrale di San Lorenzo (Perugia). Poco dopo, nel 1202, iniziarono i lavori di ampliamento. Fu così trasformato in un vero e proprio castello fortificato, capace di difendere i territori perugini sul versante toscano. All’interno delle mura furono inglobate le case intorno.
Durante tutto il medioevo, il castello di Passignano cambiò numerose volte proprietario subendo saccheggi e razzie. Ma è soprattutto dopo la guerra tra il ducato di Toscana e lo stato pontificio (1479),  che il suo aspetto subì numerose modifiche. Vennero distrutte molte torri e danneggiate numerose abitazioni. 
In epoca rinascimentale si susseguirono numerosi scontri per il possesso della roccaforte tra alcune delle più importanti famiglie della zona: i Della Corgna, i Baglioni e i Degli Oddi. Fu anche coinvolto nella “Guerra Barberina”, avvenuta tra le truppe papali e quelle toscane del granduca Ferdinando II.
Solo nel 1778 ne venne demolita una parte, per consentire un miglior transito alle carrozze. Tra il 1816 ed il 1817, il Governo Pontificio decise la demolizione di tutto il complesso, ordinando che il materiale proveniente dalle torri e dalle mura venisse usato per sollevare il livello stradale. Infatti, più volte, il lago aveva straripato, inondando e danneggiando le case sulla riva.

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Bibliografia
Gurrieri O. (1988), Il lago Trasimeno e il suo territorio : Castiglione del Lago, Città della Pieve, Magione, Paciano, Panicale, Passignano, Piegaro, Tuoro, le isole, Perugia, Benucci. 
Amoni D. (1999), Castelli fortezze e rocche dell'Umbria, Perugia, Quattroemme.
Festuccia L. (1999), Guida a Passignano sul Trasimeno, Perugia, Duca Della Corgna.