All’interno, da vedere, affreschi e tele del pittore romano Giovanni Miselli, 1743-1744, la Presentazione al Tempio dell’altare maggiore e gli stucchi di Stefano Cremoni. Molto interessante è l’organo che si trova sulla controfacciata, opera di Claudio Carletti da Fabriano. Da menzionare l’affresco che si trova in sagrestia di Antonio Circignani raffigurante La Presentazione di Maria al Tempio del 1606, purtroppo rovinato dall’umidità.

All’interno di questa chiesa il pittore Pietro Vannucci detto il Perugino, invitato nel 1504 dai frati, dipinse tutta la parete di fondo con la scena dell’Adorazione dei Magi, uno dei suoi maggiori capolavori. Condusse il lavoro con tanta sollecitudine da terminarlo l’anno stesso. È una delle più grandi e complesse opere che abbia fatto il maestro. Il Presepio concepito da lui, e da lui in gran parte eseguito, è certamente uno dei lavori più belli: dallo splendido paesaggio rappresentato nello sfondo, alla finezza dei personaggi, molto numerosi in questa composizione, trenta solo le figure a grandezza naturale, di più le piccole. La parte centrale è quella più curata e dimostra che il Perugino nella parte che maggiormente attrae lo sguardo dell’osservatore, mise in opera tutto il suo ingegno, lasciando ai suoi aiuti i gruppi di figure laterali.