Fu soggetta a frequenti depredazioni durante la guerra scoppiata tra Perugia e Assisi (1200) e resa indifesa a seguito della distruzione del castello di Valfabbrica operata dai Perugini. Dopo la soppressione del monastero (1359) fu per secoli adibita a chiesa parrocchiale di Valfabbrica. I restauri succedutisi nel tempo hanno mantenuto l'impianto originario della struttura, che custodisce al suo interno pregevoli affreschi votivi di scuola umbra del '300, da alcuni attribuiti a quella cimabuesca.