Dello stesso Vasari è anche la grande tavola raffigurante l'"Incoronazione della Vergine".

Sui lati della cappella si trovano gli stalli di un coro del cinquecento finemente intarsiato e disegnato a china attribuito a maestranze  locali che lo eseguirono su disegni lasciati da Raffaello. Il cancello in ferro battuto è opera  del maestro Pietro Ercolano, tifernate, nel 1567. Sempre sulla sinistra vi è una terracotta di scuola "robbiana" raffigurante "San Francesco che riceve le stimmate"; di fronte, il quadro raffigurante il  "Martirio di San Bartolomeo",  è di Giovan Battista Pacetti, detto "Lo Sguazzino" nato a Città di Castello nel 1593.

Sull'altare di San Giuseppe, appartenuto alla famiglia Albizzini, dove vi  è ora una copia, si trovava lo "Sposalizio della Vergine" dipinto da Raffello nel 1504 che fu sottratto nel 1798 dal Generale Lechi, comandante delle truppe napoleoniche. Dal 1805 si trova nella Pinacoteca di Brera a Milano. Nella chiesa  si conservava, inoltre, un dipinto di Luca Signorelli "L'Adorazione dei Pastori" oggi alla National  Gallery di Londra.  

L'altare maggiore, monolitico del XIV sec. è attribuito al Beato Giacomo valente frate marmorario. Nell'abside è disposto un bel coro in noce del XVIII sec. Nel catino dell'abside, sopra il coro ligneo, è stato collocato nel 1763 un grande organo meccanico utilizzato ancora oggi per l'esecuzione di  concerti.

Fonte: IAT Città di Castello