La facciata venne alzata nel 1925-30.Nello stesso 1930 viene posta al vertice della facciata la statua in bronzo dorato della "Madonna degli Angeli" realizzata dallo scultore Colasanti. 

L'interno è a tre navate e presenta delle cappelle laterali le cui decorazioni parietali rappresentano la più organica raccolta della pittura umbra del tardo Cinquecento e del primo Seicento. Di notevole interesse artistico ma soprattutto religioso legate alla vita del Santo sono la Cappella della Porziuncola e la Cappella del Transito.

La cappella della Porziuncola risalente al X-XI sec. è dedicata a S. Maria degli Angeli o a S. Maria della Porziuncola. Intorno al 1205, S. Francesco vi stabilì la sua dimora restaurandola e fondandovi l'Ordine francescano (1208). Fu la terza chiesa restaurata dal Santo dopo  San Damiano e San Pietro della Spina. La parte superiore della facciata è decorata da un affresco di Friedrich Overbeck da Lubecca (1829) che raffigura "S. Francesco implora da Gesù e Maria la concessione dell'Indulgenza del Perdono". Sul lato destro sono visibili frammenti di affreschi di influsso senese risalenti al Quattrocento. All'altare, grande pala di Ilario da Viterbo raffigurante" l'Annunciazione e Storie del Perdono". Qui nel 1212, Santa Chiara, fuggita dalla casa paterna , pronunciò i voti e fondò l'ordine della Clarisse.

A pochi metri dalla Porziouncola, c'è la Cappella del Transito, ovvero la cella dell'infermeria dove S. Francesco morì il 3 ottobre 1226 facendosi deporre sulla nuda terra. All'esterno affreschi di Domenico Bruschi (1886), Morte e funerali del Santo Francescano. Nell'interno affreschi dello Spagna. All'interno della cappella si trova la nicchia contenente la statua di S. Francesco, in terracotta smaltata di Andrea della Robbia.

Dalla sagrestia si accede al corridoio che porta al Roseto legato ad una leggenda sulla vita di S. Francesco, piccolo giardino piantato esclusivamente a rosai senza spine. Adiacente al Roseto è la cappella del Roseto (1518) composta da tre ambienti decorata da affreschi di Tiberio d'Assisi, autore anche degli affreschi parietali dell'Oratorio di S. Bonaventura (1506). Lungo il tragitto d'uscita è visibile a sinistra, il chiostro quattrocentesco e ciò che resta del conventino dell'epoca di S. Bernardino di Siena (sec. XV).