A quei secoli si deve anche la realizzazione del chiostro e degli edifici conventuali, che furono creati sul fianco destro della chiesa.
Nel 1957 un restauro particolarmente intenso ha riportato gli interni all'originale fattura, "liberando" la struttura dalla ricca decorazione settecentesca.
La chiesa è a tre navate molto strette ed alte, senza transetto e terminante con un abside triconca.
Il presbiterio è fortemente rialzato con una scala d'accesso ripristinata durante il restauro del XX secolo.
La navata centrale è coperta con una volta a botte ribassata, mentre le navate laterali hanno copertura a crociera. Le tre navate sono divise da due file di pilastri circolari di tradizione lombarda.
Un arco trionfale che divide lo spazio della navata da quello del presbiterio, è forato da una bifora posta al centro.
La facciata attuale è a capanna, trasformazione che apportarono aggiungendo conci nel XVI secolo, mentre in origine, come si può ancora vedere, era a quattro spioventi, corrispondenti alla diversa altezza delle navate.
Essa incornicia una elegante trifora con colonnine e capitelli di spoglio ed un portale a semplici rincassi.
Le tre absidi, esternamente, presentano una particolare decorazione che le suddivide con sottili lesene poggiate su un alto basamento e culminanti con archetti pensili.
La cripta è suddivisa in tre navate absidate, coperte con volte a crociera e la navata centrale risulta a sua volta tripartita da sei colonne.
La caratterizzano capitelli con raffigurazioni di animali e motivi vegetali molto schematici, riferibili alla fine dell'XI secolo.
Dietro l'altare è collocato il sarcofago di san Felice martire.
Il chiostro, a pianta rettangolare, ha il portico sorretto da solidi pilastri quadrangolari a mattoni vivi; sopra ogni pilastro affreschi di busti di santi e beati. Mentre gli affreschi sulle pareti raffigurano Le storie della vita di San Felice.
Al centro del chiostro si trova una cisterna per la raccolta delle acque piovane.
Dal 1815 l'abbazia di San Felice è sede della congregazione del Preziosissimo Sangue, fondata da san Giuseppe del Bufalo.