À droite de l’entrée, un autel en marbre de Gaio Titieno Flacco (aujourd’hui utilisé comme bénitier) déjà présent dans Santa Maria Maggiore depuis le XVe siècle, à côté un baptistère en marbre, en forme de ciboire, une œuvre de Gasparino da Val di Lugano (1509-1511).

Le long du mur de gauche après l’autel gauche s’ouvre la Chapelle Baglioni, commandée au XVIe siècle par Troilo Baglioni à l’artiste Bernardino di Betto appelé il Pinturicchio (Pérouse, 1452 environ – Sienne, 11 décembre 1513). Elle présente un sol riche de décorations de faïence de Deruta de 1566. La chapelle est entièrement décorée à fresque par l’artiste, à partir des voiles de la voûte avec les sibylles Tiburtine,’Erythrea, Europea, Samia assises sur le trône ; sur le mur gauche, l’Annonciation avec l’autoportrait et la signature de l’artiste. Sur le mur du fond, l’Adoration des bergers et l’arrivée des rois Mages, sur le mur de droite, la Dispute entre les docteurs dans le Temple.

Toujours le long du mur de gauche, il faut noter le pupitre renaissance en grès de Simone da Campione (1545). Le maître-autel couvert par le ciboire (ou tribune) en pierre calcaire de Rocco di Tommaso da Vicenza (1515). Dans les ronds ; huit têtes en terre-cuite de Giandomenico da Carrara: Les Prophètes (1562).

Deux œuvres de Pietro Vannucci, appelé il Perugino (le Pérugin), bordent les piliers de l’abside, à gauche, la Pitié, Saint-Jean l’Evangéliste, et Marie-Madeleine enlevée d’un endroit inconnu (œuvre de 1521) et, à droite, la Vierge à l’Enfant, Sainte-Catherine d’Alexandrie et Saint-Blaise, enlevée d’un endroit inconnu (une œuvre de 1521).