L’église de Saint-Sébastien de Panicale fut construite à la fin du XVe siècle par la communauté du château, à côté d’un hôpital dédié aux malades de la peste – un lazaret – auprès duquel il existait un cimetière destiné à la sépulture des pestiférés. L’église, située à environ 250 mètres des murs de Panicale, au fond du Borgo Regio, est un édifice en briques aux dimensions modestes, avec une façade carrée revêtue d’enduit. À l’origine l’édifice était précédé d’un portique dont il reste deux arcades sans enduit. La phrase gravée au-dessus du portique d’accès – ECC(LESI)A S(ANC)TI SEBAST(IAN)I C(AST)RI PANICALIS – informait les visiteurs que l’église appartenait au château de Panicale et était dédiée au saint invoqué contre la peste. L’intérieur était couvert par un toit à deux versants, avec des fermes en bois en évidence ; puis il fut modifié dans sa forme actuelle en 1623. L’église est ornée de chapiteaux, corniches, deux autels et deux petits chœurs. Deux carreaux en terre-cuite portant les dates 1690 et 1725 apparaissent à l’extérieur, sur la partie gauche en haut, tandis que la date 1692 se trouve sur la partie externe du jardin. Il est très difficile d’interpréter ces trois dates. On suppose que la date 1690 est l’année où les Religieuses prirent possession de l’édifice grâce à un legs de Monseigneur Paolo Corsetti au Collège des Vierges. La date 1725 est plausible et pourrait renvoyer à un autre legs au Collège. En ce qui concerne la dernière date, à savoir 1692, elle fait indéniablement référence à la construction du mur d’enceinte à l'initiative des Religieuses du Collège.

L’iconographie du tableau est connue : la légende du martyre est rapportée dans une Passio Sancti Sebastiani, traditionnellement attribuée à Saint-Ambroise, mais composée vraisemblablement par un moine romain sur la fin du Ve siècle et ensuite présente dans la Légende Dorée de Iacopo da Varazze. On y raconte que Sébastien était né en 256 après J.C. d’une famille originaire de la petite ville de Narbone en Provence, qu’il milita comme soldat parmi les prétoriens, pour faire ensuite partie de la garde impériale. Il se convertit au christianisme, quand Dioclétien le découvrit, ce dernier, furieux, ordonna qu’il soit conduit au milieu d’un champ, attaché à une cible et transpercé par les archers. Le lieu du supplice fut visité par une veuve appelée Irène qui, surprise du fait que Sébastien soit encore vivant, l’amena dans son palais et soigna ses blessures. Dioclétien, en apprenant que son soldait avait réussi à se sauver, ordonna immédiatement qu’il soit capturé et flagellé à mort. Le supplice des flèches, auquel Saint Sébastien réussit à échapper, contribua fortement à répandre sa notoriété de depulsor pestilentiae.