Der Bau des Kreuzgangs und der Klostergebäude auf der rechten Seite der Kirche geht ebenfalls auf diese Jahrhunderte zurück. Eine besonders aufwendige Restaurierung im Jahr 1958 brachte dem Innenraum sein ursprüngliches romanisches Aussehen zurück, wobei allerdings die interessante Dekoration aus dem 18. Jahrhundert verloren ging.

Die Kirche besteht aus drei sehr schmalen und hohen Schiffen, die durch zwei Reihen von Rundpfeilern in langobardischer Tradition geteilt sind; in Abwesenheit des Querschiffs endet das Schiff in einer Trikonka-Apsis. Das Presbyterium ist stark erhöht und verfügt über eine Zugangstreppe, die bei der Restaurierung im 20.

Das Kirchenschiff ist mit einem abgesenkten Tonnengewölbe bedeckt, während die Seitenschiffe mit Kreuzgewölben versehen sind. Ein Triumphbogen, der den Raum des Kirchenschiffs von dem des Presbyteriums trennt, wird in der Mitte von einem zweibogigen Fenster durchbrochen. Die drei Apsiden weisen eine besondere Dekoration auf, die sie mit dünnen Pilastern, die auf einem hohen Sockel ruhen und in Hängebögen enden, gliedern.

Ein Juwel der umbrischen Romanik, die Krypta "ad oratorium", ist in drei Apsidenschiffe unterteilt, die mit Kreuzgewölben bedeckt sind, von denen das mittlere wiederum dreiteilig ist und sechs Säulen verschiedener Art mit wiederverwendeten römischen Kapitellen aufweist, die kuriose Darstellungen von Tieren und Pflanzenmotiven zeigen.

Hinter dem Altar steht der Sarkophag des Heiligen Felix des Märtyrers, der auf kleinen Säulen ruht, die ihn vom Boden abheben. Die Informationen, die wir über den Heiligen haben, sind noch unsicher. Wir wissen, dass er zwischen dem Ende des 3. und dem Beginn des 4. Jahrhunderts n. Chr. Bischof von Vicus ad Martis war. Über sein Martyrium, das vermutlich zwischen 304 und 306 n. Chr. durch die Hand des Präfekten Tarquinius erfolgte, gibt es unterschiedliche Versionen. Es heißt, dass er durch göttliches Eingreifen trotz der schrecklichen Folterungen, denen er ausgesetzt war, nicht sterben wollte: Er wurde in einen Topf mit kochendem Pech getaucht, wie der heilige Laurentius auf heiße Kohlen gelegt und schließlich enthauptet.

Der alte Brauch, Heilung zu erflehen, indem man auf dem Boden unter den Körper des thaumaturgischen Heiligen kriecht, wird von den Gläubigen noch heute gepflegt.

Der Kreuzgang mit rechteckigem Grundriss hat einen Säulengang, der von massiven, quadratischen Backsteinsäulen getragen wird. Über jeder Säule befinden sich Fresken mit Büsten von Heiligen und Seeligen, während die Fresken an den Wänden Geschichten aus dem Leben des Heiligen Felix darstellen. In der Mitte des Kreuzgangs befindet sich eine Zisterne zum Sammeln von Regenwasser. Seit 1815 ist die Abtei San Felice Sitz der Kongregation vom Kostbaren Blut, die vom Heiligen Joseph del Bufalo gegründet wurde.