Sopra il primo altare, della parete di destra, si trova una tavola della Madonna coi Santi e sul secondo altare una raffigurazione di Sant’Antonio da Padova (nel quadro appare il panorama di Citerna nel '500 vista dalla pianura di Sansepolcro), entrambe dell'artista Simone Ciburri, allievo del Bandiera.

Sulla stessa parete di destra si apre una nicchia con un pregevole affresco della Vergine con bambino, affiancata da San Michele Arcangelo e San Bernardino da Siena, riconducibile alla scuola di Luca Signorelli (forse di Tommaso Bernabei detto il Palpacelo).

Nella parete di fondo della parte sinistra del transetto si trova un maestoso altare ligneo intitolato al Santissimo Crocifisso, sul quale è posto appunto un Crocifisso ligneo di stile bizantineggiante. Sullo stesso altare trova posto la tavola de la Madonna e San Giovanni ed altri due dipinti, tutti attribuiti a Raffaellino del Colle.

Sempre nel transetto di sinistra, merita di essere menzionato, l'altare dedicato a Maria Maddalena, per la tavola della Deposizione dipinta da Nicolò Circignani detto il Pomarancio, nel 1570.

Sulla parte destra del transetto sono collocati altri due altari: sopra il primo si ha una tavola intitolata Cristo in Gloria di Raffaellino del Colle; sul secondo un dipinto della Madonna in trono del XVIsecolo.

Fonte: Umbria. Vol. 1. La biblioteca di Repubblica - L'Italia, 1. Milano: Gruppo Editoriale L'Espresso SpA - Divisione la Repubblica (© Touring Editore s.r.l.), 2005.