Die Kirche ist einschiffig mit leicht spitzbogenförmigen Gewölben und einem tiefen Chor. Direkt neben dem Eingang befindet sich auf der rechten Seite ein kleines Fester, aus dem Franziskus das von dem Pfarrer der Kirche abgelehnte Geld geworfen haben soll, mit dem die Kirche renoviert werden sollte. An den Wänden sieht man Überreste von einem Verputz mit farbiger Umrahmung, die ursprünglich für Fresken gedacht waren, die nie ausgeführt wurden. In der Kapelle, die 1535 hinzugebaut wurde, hängt ein hölzernes Kruzifix (der Gesichtsausdruck des Gekreuzigten ändert sich je nach der Perspektive des Betrachters), das von Fra Innocenzo aus Palermo 1637 geschnitzt wurde. Am Hauptaltar befindet sich eine Nachahmung des Kruzifixes, das angeblich mit Franziskus sprach (das Original befindet sich in der Kirche Santa Chiara). Der hölzerne Chor von 1504 bedeckt Teil eines kleinen Fensters, durch das die Klarissen kommunizierten und an dem der Leichnam des Hl. Franziskus vorbeigetragen wurde, als er von der Porziuncola nach Assisi überführt wurde.

Durch das Vestibül rechts, unter dem vier Gefährtinnen der Hl. Clara begraben sind, erreicht man die Sakristei, auf der linken Seite befindet sich der einfache Chor, wo das Lesepult der Hl. Clara steht. Am Altar sieht man das Fresko „Die Kreuzigung" von Pier Antonio Mezzastris von 1482. Links sieht man einen kleinen Raum, in den sich angeblich Franziskus vor seinem Vater flüchtete.

Zurück im Vestibül geht es über eine kleine Treppe hinauf in das Gärtchen der Hl. Clara, einer winzigen Terrasse mit Aussicht über die Ebene.

Im Kreuzgang kann man an den beiden Eckwänden die Fresken von Eusebio da San Giorgio (1507) Franziskus erhält die Stigmata und die Ankündigung sehen. Danach durchquert man das rechteckige Refektorium, das mit den niedrigen Gewölben an eine Krypta ähnelt, mit originalen Bänken und Tischen: ein Kreuz und eine Blumenvase weisen auf Platz von Clara hin.