Hinter der Apsis ist der kleine und graziöse franziskanische Kreuzgang erhalten, der vor kurzem von der Gemeinde zurückgekauft und restauriert wurde, das Refektorium und Teile der Schlafräume.

Im Inneren befindet sich eine interessantes Marienbild aus dem frühen 14. Jh., das die Jungfrau mit Kind auf dem Arm darstellt, seit jeher von den Bewohnern Acquaspartas als Madonna della Stella angebetet. Das Abbild dieser Madonna ist in der gesamten Geschichte Acquaspartas zu sehen, vor allem bei Unglückfällen wie Pest, Erdbeben und Krieg. 

Weiterhin ist hier ein franziskanisches Leinwandgemälde aufbewahrt, eine Kopie des berühmten Leinwandgemäldes von Margheritone di Arezzo, das sich in den Uffizien in Florenz befindet. Es stellt den Heiligen Franziskus dar und seitlich berühmte Episoden aus dem Leben des Armen von Assisi.

Nicht zu vergessen das antike Holzkreuz (14. Jh.), das von San Giovanni di Butris in diese Kirche gebracht wurde.