Juli 1228, am Folgetag der Heiligsprechung von Franziskus, an dem Ort, an dem einst Enthauptungen vorgenommen und Verbrecher begraben wurden. Der Überlieferung nach war es Franziskus selbst, der, dem Tode nahe, seinen Brüdern diesen Ort als gewünschten Ort seiner Beisetzung mitteilte.
Die Basilika ist das Ergebnis einer Überlagerung zweier Kirchen: der Unterkirche, von der aus man in die Krypta gelangt, in der die steinerne Urne mit den Überresten des Heiligen Franziskus bewahrt wird, und der Oberkirche, gekennzeichnet durch hohe Decken und Glasfenster in gotischem Stil.
Darin können Werke der größten Künstler aller Zeiten bewundert werden, unter ihnen Cimabue, Giotto (der zusammen mit seinen Schülern den Freskenzyklus mit Geschichten aus dem Leben des Heiligen Franziskus malte , der durch die Leggenda Maior von Bonaventura da Bagnoregio inspiriert war), Pietro Lorenzetti und Simone Martini.