L'intérieur, à nef unique, conserve des fresques du gothique tardif dans la sacristie qui se rapportent à la structure d'origine et, le long des murs, des décorations de l'atelier de Luca Signorelli de Cortona (1450-1523). Seules les scènes de la Flagellation et de la Crucifixion sont de l'artiste.