Ihr Inneres besteht aus drei Kirchenschiffen, die mit drei Apsiden abschließen und ist mit Fresken, vorwiegend aus dem 17. Jh., verziert. Die Fresken aus dem frühen 16. Jh. in der mittleren Apsis sind der einzigartigen Ikonographie von Filippo Lippi, dem großen Künstler der Renaissance, der die Apsis des Doms von Spoleto ausmalte, nachempfunden. Wertvolle Skulpturen aus glasiertem Terrakotta aus dem 16. Jh. verzieren die linke Apsis. Erhalten wurde auch ein Sockel, der zu einem Tryptichon des Meisters von Arrone aus dem Jahre 1487 gehört.