Sotto la cornice orizzontale, decorata con rilievi figuranti scene di caccia, draghi, protomi umane ed animali, si aprono tre finestre, una trifora al centro e due bifore ai lati. La trifora è retta da colonne binate di marmo di recupero ed è riccamente decorata con motivi vegetali; le bifore sorgono su colonnine tortili le cui basi sono costituite da capitelli rovesciati.

In basso, il bel portale incassato è decorato con tralci di vite e animali in lotta.

L'interno della chiesa, semplice e severo, ma al contempo monumentale, è a tre navate erette su tozze colonne. Degna di nota è la copertura a semibotte delle due navate laterali, motivo raro negli edifici religiosi umbri.

In fondo alla navata centrale, il presbiterio è sensibilmente rialzato sulla cripta, raccolta e mistica, a unica sala con due colonne che sostengono le volte a crociera.

Curiosità

Il paese di Bevagna e la chiesa di San Silvestro hanno fatto da sfondo al set per il terzo film dedicato a San Francesco di Luciana Cavani, andato in onda su Rai Uno nel 2014.