Attraverso un cancello di ferro si entra nella piccolissima Chiesa Primitiva, dedicata a Santa Maria delle Carceri, cuore del Santuario, probabilmente una grotta adattata a cappella: all'altare, vi è un bell'affresco, la Madonna col Bambino e San Francesco, del sec. XVI, sopra una Crocifissione duecentesca.

Scendendo a destra per una scalinata e minuscole porticine si entra nella Grotta di San Francesco, attualmente diviso in due vani: uno contiene il letto di pietra su cui dormiva il santo; nell'altro, alla parete destra si vede un sasso su cui probabilmente san Francesco sedeva per meditare e pregare. Per una porticina si esce poi all'aperto: sul muro che chiude la grotta, uno sbiadito affresco trecentesco raffigura il tradizionale episodio della predica degli uccelli: leggenda narra che gli uccelli si posassero ad ascoltare il santo sul secolare leccio visibile presso il ponticello gettato sul fosso. Un muro copre un crepaccio conosciuto come il "buco del diavolo", in cui si dice sia precipitato il demonio, sconfitto dalle preghiere di San Francesco. Accanto si trova anche il "fosso secco", alle cui acque il santo avrebbe chiesto di non disturbare col loro scroscio le preghiere dei frati.

Seguendo il percorso si giunge ad un ponte, alla fine del quale vi è un bronzo con San Francesco che libera le tortorelle, opera di Vincenzo Rosignoli. Inizia il "viale di San Francesco", una suggestiva passeggiata nel bosco dove vi sono diversi luoghi di devozione. Tra questi, la Grotta del Beato Leone, cui si accede per un sentiero a gradini, le grotte del beato Bernardo da Quintavalle, del beato Egidio, del beato Silvestro e, un po' più lontano, del beato Andrea da Spello.  Seguendo il ponte, si può salire alla cappella di Santa Maria Maddalena, in cui è sepolto dal 1477 il beato Barnaba Manassei, ideatore e fondatore dei Monti di Pietà.